CCF@U第1172场：CCF生物信息学专委走进大湾区大学（筹）
2024年11月23日，由中国计算机学会（CCF）主办，CCF生物信息学专业委员会、大湾区大学（筹）信息科学技术学院承办的“CCF走进高校（CCF@U第1172场）”活动在大湾区大学（筹）松山湖校区成功举行。
本次活动邀请了多位生物信息学领域的专家参与，包括CCF生物信息学专委会主任、西安电子科技大学高琳教授，专委会副主任、南大学李敏教授，专委会副主任、北京理工大学张法教授，秘书长、山东大学崔学峰教授，中国人工智能学会生物信息学与人工生命专委会秘书长，军事科学院陈河兵研究员，专委会通讯委员、深圳市人民医院程立新研究员，东莞市人民医院陈英华教授，香港中文大学曹沁博士。同时出席会议的还有大湾区大学（筹）科学研究部负责人谷岩松老师，以及大湾区大学（筹）各个学院的老师和同学们。整场活动由大湾区大学（筹）信息科学技术学院助理教授郑旭彬主持。
会议伊始，谷岩松老师代表活动承办方大湾区大学（筹）热烈欢迎CCF生物信息学专委会专家的到来，表示希望与CCF及生物信息学专委会建立长期联系，并在后续可以开展更多的学术交流和探讨。接着，郑旭彬博士介绍了大湾区大学和信息科学技术学院的情况，并介绍了大湾区大学本科计算科学专业新的课程体系。
在随后的学术报告环节中，李敏教授以“3D genome: from computational methods to applications in disease”为题展开了一场精彩的学术报告。报告首先概述了如3C，Hi-C和HiChlP等一系列染色体构象捕获技术，这些技术虽然已经能够对3D基因组的结构进行表征，但是李敏教授指出，目前对未识别的细胞系或物种的染色体接触的探索仍受到实验成本和时间的限制，需要一些新的计算解决方案来探索基因组的3D组织。随后，李敏教授从模型结构，实验设计和实验结果等多角度、深层次、详细地阐述了当前的研究进展，并指出未来的一些潜在研究方向。最后，李敏教授也分享了课题组对本科生的培养心得，并热情地和在场的老师和同学进行了相关科研问题的讨论。
第二场报告由张法教授分享“基于人工智能的医学多模态数据融合分析”的相关研究。张法教授指出，近年来，结合影像、病理和分子等多模态数据的综合诊断方法为肿瘤精准医疗提供了全新的发展机遇，但是不同模态数据的异质性为数据的融合分析提出了严峻的挑战。此外，现有模型未能充分利用神经网络强大的表示学习能力，无法有效地融合医学影像、病理图像和基因数据的多模态特征。于是，他们团队深入临床与一线医生紧密合作，从实际问题出发，将计算机算法应用在临床的诊疗当中，主要包括基于病理图像的深度分析，结合疾病影像数据和组学数据，根据多模态医学数据的特征与层次关系，在疾病诊断、生存风险分析和分子标志物筛选中，均取得了不错的效果，为医生和病人提供了帮助。
在第三场学术报告中，陈河兵教授指出，DNA双链断裂（DSB）是基因组最严重的损伤类型之一，现有的基于人工智能的DSB预测方法还存在着许多的局限性。为了解决这些不足之处，陈河兵教授介绍了3D基因组损伤分析框架（3DDAS），并利用3DDAS构建了一个全基因组范围的DSB预测模型，名为Hi-DSB。此外，陈河兵教授还介绍了3DDAS在识别关键基因组位点中的应用，展示了3DDAS在临床相关性研究中的潜力。最后，陈河兵教授指出，3DDAS框架为研究染色质结构、基因组稳定性和癌症进展之间的关系提供了新的范式，为未来的研究和临床应用奠定了基础。
第四场学术报告，崔学峰教授首先向大家介绍了Tandem Mass Spectrometry（MS/MS）的广泛应用，该技术可以在蛋白质组学中识别蛋白质，在糖组学中表征糖链，在代谢组学中分析小分子。此外，MS/MS在疾病诊断、药物开发和疫苗研究中也发挥着重要作用。随后，崔教授介绍了他们团队开发的一种新型的嵌入模型MS2VEC模型，该模型可以实现快速数据库搜索。崔教授还介绍了MS2SMILES方法和MS2Glycan框架，用于精确预测化学结构中的氢原子以及从数据中迭代构建糖链结构。崔教授的报告引发了在场的老师、同学们浓厚的兴趣和积极的讨论。
每个报告均设有提问环节，参会人员积极互动，现场气氛活跃。报告专家与现场的老师们和同学们就三维基因组的数据整合、影像多模态整合方式、分子推断、AB区室与DSB的联系、人才培养等问题上进行了深入的交流。此外，与会嘉宾还分享了他们在科研的环节当中所遇到的困难和解决方法，给在场的老师们和同学们在科研工作中带来了不少启发。
活动的最后，生物信息学专委会的主任高琳教授进行了总结发言。她提到，她对于大湾区大学建设成为一所世界一流的高校充满了信心，现场热烈讨论的气氛使她备受鼓舞。目前生物信息学的正在快速发展，她希望更多的人能够加入进来，一起推动该学科的建设和发展。
CCF生物信息学专委会
官网链接：/Chapters/TC/TC_Listing/TCBI/
简介：生物信息学是一门融合了信息科学和生物学的跨学科领域，致力于利用计算机算法、数据库、机器学习和人工智能等先进技术，来解决生物学领域的各种复杂问题。通过开发高性能的软件工具、数据库系统和计算平台，生物信息学为突破重大生命科学难题和推进生物工程项目提供了强大的技术支撑。
随着计算科学与生命科学的日益融合，以及生物大数据时代的到来，生物信息学专业委员会应运而生。该委员会的成立旨在聚集国内外生物信息学领域的研究力量，提升我国在该领域的研究水平和国际影响力。同时，委员会也致力于促进国内外生物信息学同行之间的学术交流与合作，加强学术界与产业界的紧密联系，探索生物信息学教育的创新模式，培养具有跨学科背景和创新能力的高端人才。
通过生物信息学专业委员会的不懈努力，我国将在这一前沿交叉领域取得更多突破性进展，为人类健康和生命科学的发展做出更大贡献。
大湾区大学（筹）
简介：筹建大湾区大学是贯彻落实《粤港澳大湾区发展规划纲要》的重大战略举措。大湾区大学是由广东省人民政府举办、东莞市政府投入保障为主的公办普通高等学校。学校立足粤港澳大湾区，面向全中国，辐射全世界，以理工为主、精理强工，致力于办成一所“国际水准、开放包容、湾区特色”，能引领未来科技发展、产业升级和社会进步的新型研究型大学。学校以“基础扎实、视野开阔、知行合一、融会贯通”为目标追求，聚焦物质科学、先进工程、生命科学、信息科学技术、理学、金融管理等6个领域，培养具备创新思维、全球视野，具备家国情怀和终身学习能力，具备解决复杂问题和创新实践能力的高水平创新型人才。学校开展全日制本科和研究生教育，形成本硕博贯通式培养体系，预计2030年达到在校生10000人左右，本科生与研究生规模比例预计达1:1左右。针对本科生，首批设置数学与应用数学、物理学、计算机科学与技术、材料科学与工程和工业工程等5个本科专业，实行大类招生，分类培养，并对理学和工学等学科门类制定差异化的人才培养方案。针对研究生，按照先期开办学科方向开展先导培养，已与中山大学、哈尔滨工业大学(深圳)、南方科技大学、深圳大学、广州大学等高校联合培养硕士、博士共计100余人，并同步推进与北京大学深圳研究生院、香港中文大学、香港科技大学、澳门大学等高校开展联合培养博士研究生工作。按照“一校两区”开展规划建设，总占地面积约2356亩，总建筑面积约100万平方米。其中松山湖校区256亩，滨海湾校区2100亩，两校区共同承载“教育教学”“科教产融合”“国际合作”三大功能。松山湖校区主要建设与综合性国家科学中心有关的大科学装置、新型研发机构融合办学的学科领域，设立相关领域研究院和科研平台，同时满足办学初期需求。滨海湾校区同步启动，主要满足本科生和研究生培养、产学研合作和国际合作、创新创业孵化以及行政办公等。
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